1. Historijsko odjeljenje,
2. Filološko odjeljenje,
3. Referat za orijentalno-islamsku umjetnost,
4. Odjeljenje za dokumentaciju
5. Sekretarijat

1. Historijsko odjeljenje u svom djelokrugu:
– obrađuje i publikuje arhivsku građu i historijske izvore za historiju Bosne i Hercegovine i omogućuje njihovu upotrebu u naučnoistraživačke svrhe,
– proučava, društvene, političke i ekonomske probleme Bosne i Hercegovine na osnovu orijentalnih izvora,
– proučava institucije osmanskog carstva.

2. Filološko odjeljenje u svom djelokrugu:
– obrađuje i publikuje orijentalnu rukopisnu građu i druge izvore za kulturnu historiju Bosne i Hercegovine i omogućuje njihovu upotrebu u naučnoistraživačke svrhe,
– proučava kulturnu baštinu Bošnjaka na orijentalnim jezicima,
– proučava arapski, turski i perzijski jezik i njihove književnosti i kulture te ispituje njihove elemente u bosanskom jeziku i kulturi,
– upoznaje javnost sa značajnim djelima iz orijentalnih književnosti,
– proučava kulturne, društvene, političke pravne i ekonomske probleme savremene historije Bliskog i Srednjeg Istoka,
– proučava islamsku civilizaciju s posebnim osvrtom na njen uticaj na historiju Bosne i Hercegovine.

3. Referat za orijentalno-islamsku umjetnost:
– Proučava orijentalnu umjetnost i materijalnu kulturu prvenstveno u BiH
Odjeljenje za dokumentaciju:
– sastoji se iz arhivskog fonda, zbirke arapskih, turskih i perzijskih rukopisa, stručne biblioteke i fonda izdanja Instituta, kao i drugih dokumentaciono-informativnih materijala i sredstava.

4. Služba/ odjeljenje za dokumentaciju u svom djelokrugu:
– prikuplja, sređuje, čuva i obrađuje arhivsku i rukopisnu građu, filmove i fotografije, izrađuje registre, predmetne kataloge i kartoteku arhivskog materijala,
– vodi brigu o povećanju rukopisnog fonda,
– nabavlja i kompletira literaturu, knjige, časopise i novine iz naučne i stručne oblasti kojom se bavi Institut,
– vrši razmjenu knjiga i publikacija, – izrađuje inventare, predmetne kataloge i kartoteku stručne biblioteke,
– daje bibliografske podatke o stručnoj i naučnoj literaturi,
– obavlja poslove međubibliotečke pozajmice,
– vodi dokumentaciju i daje informacije o našim i inostranim orijentalističkim ustanovama, organizacijama, časopisima, izdanjima, skupovima, kao i značajnim akcijama.
Služba/ odjeljenje za dokumentaciju obavlja i druge poslove koje mu stavi u zadatak direktor Instituta na prijedlog Naučnog vijeća.

5. Sekretarijat Instituta obavlja upravno-pravne, administrativne, finansijske i druge opšte poslove.

Historijat Instituta
(Opširnije u: Gazić, Lejla, Monografija Orijentalnog instituta u Sarajevu, Sarajevo: OIS, 2000.)